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La Dirección de Control Interno le corresponderán las siguientes funciones.

•  Realizar la auditoría operativa interna de la municipalidad, con el objeto de fiscalizar la legalidad de su actuación.
•  Controlar la ejecución financiera y presupuestaria municipal.
•  Representar al alcalde los actos municipales que estime ilegales, informando de ello al concejo, para cuyo objeto tendrá acceso a toda la información disponible. Dicha representación deberá efectuarse dentro de los 10 días siguientes a aquel en que la unidad de control haya tomado conocimiento de los actos. Si el alcalde no tomara medidas administrativas con el objeto de enmendar el acto representado, la unidad de control deberá remitir dicha información a la Contraloría General de la República.
•  Colaborar directamente con el Concejo para el ejercicio de sus funciones fiscalizadoras. Para estos efectos, emitirá un informe trimestral acerca del estado de avance del ejercicio programático presupuestario; asimismo, deberá informar, también trimestralmente, sobre el estado de cumplimiento de los pagos por concepto de cotizaciones previsionales de los funcionarios municipales y de los trabajadores que se desempeñan en servicios incorporados a la gestión municipal, administrados directamente por la municipalidad o a través de corporaciones municipales, de los aportes que la municipalidad debe efectuar al Fondo Común Municipal, y del estado de cumplimiento de los pagos por concepto de asignaciones de perfeccionamiento docente. En todo caso, deberá dar respuesta por escrito a las consultas o peticiones de informes que le formule un concejal.
•  Asesorar al Concejo en la definición y evaluación de la auditoría externa que aquél puede requerir en virtud de la ley 18.695.
•  Realizar, con la periodicidad que determine el reglamento señalado en el artículo 92 de la ley 18.695, Orgánica Constitucional de Municipalidades, una presentación en sesión de comisión del Concejo, destinada a que sus miembros puedan formular consultas referidas al cumplimiento de las funciones que le competen.
•  Fiscalizar a las Corporaciones, Fundaciones y Asociaciones Municipales, respecto del uso y destino de sus recursos, pudiendo disponer de toda la información que requiera para tal efecto.
•  Atender los requerimientos que le formule la Contraloría General de la República, de la que depende técnicamente.
•  Efectuar controles permanentes y sistemáticos a las unidades operativas y administrativas.
•  Efectuar verificaciones sobre los bienes municipales, y que se cuente con los mecanismos de control que aseguren su existencia.
•  Realizar constataciones sobre la correcta imputación de las distintas instancias que contempla el sistema de Contabilidad Gubernamental.
•  Realizar exámenes oportunos a las operaciones económicas y financieras procediendo a representar situaciones que no se enmarquen en el ámbito de la legalidad vigente, y otros que disponga el Alcalde.
•  Representar al Concejo los déficits que advierta en el presupuesto municipal.
•  Asesorar al Alcalde y las demás unidades municipales en el diseño de instrucciones y manuales de procedimientos que mejoren la eficiencia de la gestión municipal.